22 doanh nghiệp/32 giấy phép khai thác khoáng sản được đưa vào danh sách kiểm tra hầu hết đều là những tổ chức được cấp phép khai thác khoáng sản đá trắng, quặng thiếc với hệ thống mỏ có diện tích, trữ lượng lớn như Công ty TNHH Toàn Thắng, Công ty TNHH Duyên Hoàng, Công ty CP Đồng Tiên, Công ty CP khoáng sản và thương mại Trung Hải, Công ty CP Tân Hoàng Khang, Công ty TNHH Chính Nghĩa, Công ty TNHH Hồng Bảo Ngọc, Công ty TNHH thiếc Hà An…
Trong số 22 doanh nghiệp, Công ty CP Đồng Tiên được Đoàn liên ngành thực hiện kiểm tra đầu tiên. Ở thủ phủ đá trắng Quỳ Hợp, Công ty CP Đồng Tiên được đánh giá là đơn vị tốp đầu chấp hành tốt quy định của pháp luật. Dù vậy, vào ngày 4/11/2021, qua thực hiện kiểm tra, Đoàn liên ngành đã lập biên bản vi phạm hành chính đối với Công ty CP Đồng Tiên, với 4 hành vi vi phạm. Hành vi thứ nhất, xả thải vào nguồn nước tại dự án Nhà xưởng chế biến khoáng sản tại xã Châu Tiến, huyện Quỳ Hợp mà không có giấy phép xả thải theo quy định tại điểm a, khoản 1, Điều 20 Nghị định số 36/2020/NĐ-CP ngày 24/3/2020 của Chính phủ; hành vi thứ hai, không cập nhật bản đồ hiện trạng, mặt cắt hiện trạng khu vực mỏ được phép khai thác khoáng sản tối thiểu 6 tháng một lần theo quy định tại Thông tư số 17/TT-BTNMT ngày 24/12/2020 của Bộ TN&MT.
Hành vi thứ ba, lập không đầy đủ sổ sách, chứng từ, văn bản, tài liệu có liên quan để xác định sản lượng khai thác thực tế hàng năm theo quy định (chưa có sổ theo dõi sản lượng khoáng sản nguyên khai và đất đá thải; chưa có biên bản nghiệm thu khối lượng của từng khâu khai thác; chưa lập biểu thống kê sản lượng khai thác theo quy định tại Thông tư số 61/2017/TT-BTNMT của Bộ TN&MT quy định quy trình, phương pháp xác định và các mẫu biểu thống kê sản lượng khoáng sản khai thác thực tế). Hành vi thứ tư, không tổ chức huấn luyện an toàn, vệ sinh lao động cho người lao động theo quy định của pháp luật (93 người). Với 4 hành vi vi phạm nêu trên, tổng số tiền Công ty CP Đồng Tiên bị xử phạt là 370 triệu đồng.
Chưa dừng lại ở đây, Đoàn liên ngành còn phát hiện Công ty CP Đồng Tiên kê khai thuế tài nguyên và phí bảo vệ môi trường trong năm 2020 và 9 tháng đầu năm 2021 thấp hơn số thuế tài nguyên phát sinh và phí bảo vệ môi trường phải nộp vào ngân sách nhà nước. Qua đó đề nghị cơ quan có thẩm quyền xử phạt vi phạm hành chính về thuế; tính tiền chậm nộp thuế và truy thu thuế tài nguyên và phí bảo vệ môi trường trong năm 2020 và 9 tháng đầu năm 2021 với tổng số tiền 997.886.104 đồng (trong đó, truy thu thuế tài nguyên 890.843.453 đồng, phí bảo vệ môi trường 107.042.651 đồng).
Doanh nghiệp khai thác khoáng sản thứ 2 được Đoàn liên ngành kiểm tra là Công ty TNHH Khoáng sản Trung Nguyên Nghệ An. Đối với doanh nghiệp này, Đoàn liên ngành phát hiện hành vi khai “vênh” thuế tài nguyên, phí bảo vệ môi trường. Cụ thể là kê khai thiếu sản lượng tính thuế; chưa kê khai sản lượng tính phí của đất đá bốc xúc thải và kê khai thiếu sản lượng khoáng sản tính phí.
Công ty TNHH Khoáng sản Trung Nguyên Nghệ An bị truy thu với tổng số tiền hơn 1 tỷ 273 triệu đồng. Trong đó, bị truy thu thuế tài nguyên hơn 1 tỷ 46 triệu đồng (năm 2020, bị truy thu hơn 776,9 triệu đồng; 9 tháng đầu năm 2021 bị truy thu 270 triệu đồng); truy thu phí bảo vệ môi trường hơn 87 triệu đồng (năm 2020 bị truy thu 11 triệu đồng; 9 tháng đầu năm 2021 bị truy thu hơn 76 triệu đồng); truy thu thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2020 với số tiền hơn 139 triệu đồng. Ngoài ra, Công ty TNHH Khoáng sản Trung Nguyên Nghệ An còn bị lập biên bản vi phạm hành chính chuyển cơ quan có thẩm quyền xử phạt vi phạm hành chính với lỗi vi phạm chưa phân loại lao động theo quy định tại Điều 22, Luật An toàn vệ sinh lao động năm 2015…
Thông tin từ Đoàn liên ngành, tất cả 22 doanh nghiệp được kiểm tra đều có vi phạm, tồn tại. Để phát hiện, làm rõ những vi phạm tồn tại của các doanh nghiệp là không đơn giản. Nhưng việc diễn giải để doanh nghiệp hiểu, chấp hành kết luận và hình thức xử lý còn khó khăn hơn rất nhiều. Nguyên nhân chủ yếu xuất phát từ việc hoạt động khai thác khoáng sản gắn với một hệ thống văn bản quy phạm pháp luật đồ sộ, gồm quy định pháp luật về khoáng sản, đất đai, bảo vệ môi trường, xây dựng, lao động, thuế phí… Bởi vậy, đa phần doanh nghiệp chưa nhận thức được đầy đủ.
Bên cạnh đó, trước thời điểm Đoàn liên ngành kiểm tra, nhiều doanh nghiệp cũng từng được các tổ chức, cơ quan có chức năng có thẩm quyền kiểm tra, hướng dẫn pháp luật, xử lý tồn tại. Như Công ty CP Đồng Tiên, trong năm 2020 đã được Cục Thuế kiểm tra tại doanh nghiệp theo Quyết định số 1158/QĐ-CT ngày 9/6/2020; niên độ kiểm tra năm 2018 – 2019; sau đó đã truy thu thuế, xử phạt vi phạm hành chính và tiền chậm nộp với tổng số tiền hơn 636 triệu đồng. Hay như Công ty TNHH khoáng sản Trung Nguyên Nghệ An, năm 2020 đã được Cục Thuế thanh tra việc chấp hành pháp luật Thuế theo Quyết định số 670/QĐ-CT ngày 28/4/2020; sau đó đã bị xử lý truy thu, phạt vi phạm hành chính và tính tiền chậm nộp với tổng số tiền 239.711.981 đồng…
Chính vì vậy, đã có doanh nghiệp khoáng sản “bất phục” kết luận kiểm tra của Đoàn liên ngành, có đơn kiến nghị như Công ty TNHH Duyên Hoàng. Doanh nghiệp này bị Đoàn liên ngành phát hiện một số lỗi phạm, trong đó có việc áp dụng chỉ số quy đổi không đúng quy định, kê khai thiếu sản lượng tính thuế; bị đề nghị xử phạt vi phạm hành chính với số tiền 235 triệu đồng; truy thu thuế, phí hơn 1,84 tỷ đồng. Sau khi nhận quyết định xử phạt, truy thu thuế phí (Quyết định số 603/QĐ-UBND ngày 7/4/2022 của UBND huyện Quỳ Hợp; Quyết định số 421/QĐ-CCT ngày 4/4/2022 của Chi cục Thuế Khu vực Phủ Quỳ I), Công ty TNHH Duyên Hoàng đã không đồng tình, vào ngày 5/4/2022 thì có đơn kiến nghị gửi đến UBND tỉnh, các cơ quan liên quan và Đoàn liên ngành.
Tại đơn kiến nghị, Công ty TNHH Duyên Hoàng cho rằng việc kiểm tra của Đoàn liên ngành chưa khách quan, có sự áp đặt để doanh nghiệp phải nộp phạt, truy thu thuế không có căn cứ pháp lý; viện dẫn văn bản không phù hợp và không thuộc phạm vi điều chỉnh đến hoạt động của Công ty trong lĩnh vực tính thuế tài nguyên đá hoa trắng làm bột CaCo3; Đoàn kiểm tra đã tính định mức kinh tế kỹ thuật là đá làm vật liệu xây dựng thông thường (hệ số quy đổi) sau đó lại áp giá tính thuế và thuế suất là đá hoa trắng làm bột khoáng chất công nghiệp. Không chỉ vậy, Công ty TNHH Duyên Hoàng còn đưa ra thông tin, vào năm 2021 đã được Đoàn kiểm tra Thuế của Chi Cục thuế Phủ Quỳ I thực hiện kiểm tra (Quyết định số 5982 ngày 23/9/2021), đã có biên bản, kết luận với các số liệu cụ thể. Công ty TNHH Duyên Hoàng sau đó đã chấp hành, nộp đầy đủ toàn bộ số tiền bị truy thu, xử phạt của các năm 2018, 2019, 2020. Trong khi đó, quyết định xử phạt mới đây của Chi cục Thuế khu vực Phủ Quỳ I chưa có sự thống nhất với doanh nghiệp nhưng đã thực hiện truy thu số tiền và phạt với số tiền rất lớn, là 1.847.676,907 đồng.
Trước kiến nghị của Công ty TNHH Duyên Hoàng, Đoàn liên ngành đã phải tổ chức họp đối chất. Thậm chí, vào ngày 18/4/2022 đã có Văn bản số 26/ĐKT giải đáp. Tại đây, Đoàn liên ngành phải phân tích kỹ từng nội dung Công ty TNHH Duyên Hoàng kiến nghị. Cụ thể như việc Công ty TNHH Duyên Hoàng được Chi cục Thuế Phủ Quỳ I kiểm tra thuế các năm 2018 – 2019 – 2020, có kết luận và đã chấp hành, nhưng Đoàn liên ngành tiếp tục kiểm tra vì niên độ kiểm tra của Đoàn được UBND tỉnh giao tại Quyết định số 3892/QĐ-UBND ngày 21/10/2021 là từ năm 2018 đến tháng 9/2021. Việc Đoàn liên ngành không kế thừa kết quả kiểm tra của Chi cục Thuế khu vực Phủ Quỳ I vì qua rà soát sản lượng năm 2018, 2019, 2020, xét thấy Công ty TNHH Duyên Hoàng bán sản phẩm tài nguyên đá hoa trắng làm bột Carbonat từ đơn vị tính (tấn) sang đơn vị tính (m3) thời điểm năm 2018 đến ngày 06/9/2020 là chưa đúng với đơn vị, tỷ trọng sản phẩm tài nguyên thực tế đã bán, trái với quy định về sản lượng tài nguyên tính thuế.
Về cơ sở pháp lý để áp dụng chỉ số quy đổi, Đoàn liên ngành dẫn ra các quy định của UBND tỉnh; diễn giải về cấu tạo mỏ đá của Công ty TNHH Duyên Hoàng, các số liệu có trong Giấy phép khai thác và thực tế sản xuất của doanh nghiệp. Qua đó khẳng định quá trình kiểm tra, tính toán, Đoàn đã đề xuất áp tỉ trọng 1,7 tấn/1m3 theo Điều 49, Điều 50 Luật Quản lý thuế 38/2014/QH13 quy định về “Nguyên tắc ấn định thuế và ấn định thuế đối với người nộp thuế trong trường hợp vi phạm pháp luật về thuế” là đảm bảo đúng theo nguyên tắc về xử lý vi phạm hành chính có lợi cho đối tượng được kiểm tra là Công ty TNHH Duyên Hoàng…
